ત્યારબાદ એટલે કે આજના સમયથી ૮૭૦૦૦ વર્ષ પૂર્વ શ્રીકૃષ્ણમહારાજને જરાસંધ સાથે યુદ્ધમાં ઉતરવું પડયું. અને આ ઘોર યુદ્ધમાં જરાસંઘે શ્રીકૃષ્ણનાં સૈન્યો ઉપર “જરા ” નામની વિદ્યાનો પ્રયોગ કર્યો, અને શ્રીકૃષ્ણમહારાજનું સૈન્ય મૃતપ્રાય થઈ ગયું.

શ્રી કૃષ્ણમહારાજ ભારે વિમાસણમાં પડી ગયા અને ચિંતાતુર શ્રીકૃષ્ણમહારાજ શ્રી નેમિકુમારની પાસે માર્ગદર્શન માટે ગયા. શ્રી નેમિકુમાર ત્યારે સંસારિક અવસ્થામાં હતા. અને તેઓએ શ્રીકૃષ્ણને અહઠઠ્તપ કરી, પદ્માવતીદેવીની આરાધના કરી. ગઈ ચોવીસીના શ્રી દામોદર તીર્થંકર ભગવાનના સમયમાં અષાઢી શ્રાવકે ભરાવેલ મૂર્તિ જે પદ્મવતી પાસે છે. તેની માગણી કરવી અને તેને મળેથી મુર્તિનો પ્રક્ષાલ કરી તેનું નમન સૈન્યને છાટશો તો જરા વિદ્યાનો નાશ થશે, અને આ ત્રણ દિવસ તમારા સૈન્ન્યની રક્ષા હું (નેમિકુમાર) કરીશ, તેમ જણાવેલ.
ત્યારબાદ શંખેશ્વર / મુજપુરના ઠાકોરોએ મૂર્તિને પોતાના કબજામાં લઈ સોનામહોર લઈને દર્શન કરાવવા લાગ્યા.

ત્યારબાદ વિજયસેનસૂરિજી મહારાજના પટ્ટધરશ્રી વિજયદેવસૂરિજી મહારાજના પટ્ટઘર શ્રી વિજયપ્રભસૂરિજી મહારાજના ઉપદેશથી શ્રી શંખેશ્વર પાર્શ્વનાથ પ્રભુજીની મૂર્તિ સંઘને સોંપેલ.
વિ. સં. ૧૭૬૦માં વર્તમાન જિનાલય બનાવીને શ્રી શંખેશ્વર પાર્શ્વનાથ દાદાની પ્રતિષ્ઠા કરવામાં આવી.

વિ. સં. ૧૯૬૭માં દેરીઓનો જીર્ણોદ્વાર કરવામાં આવ્યો અને દેરીઓમાં મહા સુદ પાંચમે નવેસરથી પ્રતિષ્ઠા કરવામાં આવી. ત્યારથી મહા સુદ પની ધજા ચઢાવવામાં આવે છે.
આ શંખેશ્વર તીર્થનો વહીવટ વર્ષોથી પાટણ સંઘ કરતો હતો, અને ત્યારબાદ તે શ્રી રાધનપુર જૈન સંઘને સોંપેલ.